Şehir ilk olarak Limantepe’de bulunan anakarada yer almaktaydı, Perslerin İyonya’da isyan etmesi sonucunda şehir, Karantina Adası’na taşınmıştır. Yapılan kazılar ile birlikte kentte yer alan MÖ. 3000 yılının ikinci yarısına ait olan savunma düzeneğinin bir kısmı açığa çıkarılmıştır. Bu alanda sürdürülen çalışmaların sağlamış olduğu en önemli bilgi; Klazomenai kentindeki yerleşimin, Limantepe çevresinde surlarla kuşatılan ‘yukarı şehir’ ile farklı bir savunma sistemine sahip olan ‘aşağı şehir’ olmak üzere ikili bir yapıya sahip olduğudur.
Kazılarda MÖ 7. yüzyıl ortalarında inşa edilen sur duvarının aksında, kuzey-güney doğrultusunda uzanan ve ana kayanın zeminine oturtulan iri, kısmen şekilsiz, yuvarlak taşlar ile inşa edilen bir başka savunma duvarı ortaya çıkmıştır. Bu duvarın yaklaşık yüksekliği 1.55 metredir. Kerpiçten yapılan özün üzerine, dıştan yerleştirilen kaplama bloklarla inşa edilmiştir. Savunma duvarının, batı yüzünde bir bölümü açığa çıkarılmıştır, kabaca at nalı formuna sahip olan bir kule olduğu düşünülmektedir. Kule, ana sur bedeninin aksine daha küçük boyutlu, çoğunluğu ince plakalardan oluşan kayrak taşı niteliğindeki levhalardan yapılmıştır.
Limantepe Klazomenai Antik Limanı, karadan denize uzanan iki mendireğin kapatmasıyla oluşmuştur. Batı mendirek, günümüzde Urla Limanı’nın mendireğinin altında kalmaktadır. Doğu mendireği ise karadan deniz içine doğru uzanmaktadır. Buna benzer inşa edilen ilk liman MÖ 9. yy’da yapılmıştı, Klazomenai Antik Limanı’da erken örneğe benzer şekilde karadan deniz içine doğru uzanmaktadır Yapılan diğer kazılar sırasında, zeytinyağını ayrıştırma işleminde kullanılan ve sıcak suyun karıştığı zeytinyağını ayrıştırmaya yarayan toprak kaplar, zeytini ezmekte kullanılan el havanları, öğütme taşları bulunmuştur. Kayaya oyulmuş, birçok farklı işleve sahip 15 çukur bulunan bir işlik de keşfedilmiştir. Surları içinde yer alan tek mekanlı evler, çok sayıda fırın ve ocak bulunmuştur
